Die Höhle von Agia Sofia ist wirklich beeindruckend. Sie befindet sich im Westen von Mylopotamos in einer Höhe von 50 Metern und ist genau so faszinierend wie die Kokala Bucht. Das Petrohilos Ehepaar, Professor Ioannis Petrohilos und seine Frau Anna, waren die ersten beiden die sich systematisch mit dieser Höhle befassten. 1995, nach dem Tod ihres Ehemannes, vervollständigte Anna Petrohilos die Ausgrabungen und die Kartierung der Höhle auf eigene Kosten, um sein Andenken zu ehren. Am Eingang der Höhle befindet sich die Kirche „Agia Triada“ mit einem gut erhaltenen Tempel und schillernden Wandmalereien aus dem 18.-Jahrhundert. Die Höhle besitzt einen Weg für Touristen mit einer Länge von ungefähr 200 Metern. Stalagtiten und Stalagmiten verzieren all ihre Kammern die durch kleine Öffnungen miteinander verbunden sind. Die durchschnittliche Temperatur der Höhle beträgt 17° C und ihr Feuchtigkeitsanteil circa 75%. Man kann die Höhle heutzutage unter der Führung von Mitarbeitern der Gemeinde besichtigen.
Mylopotamos Kythira