Το κτίριο του Μαρκάτου κτίστηκε το 1834 επί Αγγλοκρατίας (Ιόνιο Κράτος, προτεκτοράτο της Μεγάλης Βρετανίας 1815 – 1864), όπως μαρτυρεί η ενεπίγραφη πλάκα, για να χρησιμοποιηθεί ως ανοικτή αγορά. Λειτούργησε με τρεις κύριες χρήσεις ως κρεαταγορά, ιχθυαγορά και λαχαναγορά. Οι χωρικοί έφερναν τα προϊόντα τους στην αγορά της πρωτεύουσας του νησιού για να τα πουλήσουν. Εντός του υπόστεγου βρίσκονταν οι μακελάρηδες και έκοβαν το κρέας καθώς και οι αλιείς του Καψαλίου που πουλούσαν τα ψάρια τους. Στους περιβάλλοντες χώρους και τις γύρω πεζούλες οι αγρότες άπλωναν τα λαχανικά και τα φρούτα. Τα περισσότερα είχαν προέλευση από τα εύφορα χωριά Μητάτα, Βιαράδικα και Κάλαμο. Αργότερα το κτίριο του Μαρκάτου επεκτάθηκε προς τα δυτικά με νέα οικοδομική προσθήκη.Η χρήση του χώρου έπαψε στα τέλη της δεκαετίας του 70. Τότε το Μαρκάτο παραχωρήθηκε στην Αγροτική Τράπεζα, ύστερα από εισήγηση του διοικητή της, καθηγητή Αδαμάντιου Πεπελάση, για να το ανακαινίσει και να το μετατρέψει σε πολιτιστικό κέντρο. Η ενέργεια αυτή ήταν ενταγμένη στο γενικότερο πλαίσιο παρεμβάσεων της Αγροτικής Τράπεζας να μετατρέψει τα υποκαταστήματά της, ιδιαίτερα στις μικρές και απομακρυσμένες περιοχές, σε κέντρα χρηματοδότησης, πολιτισμού και επιμόρφωσης, πιστεύοντας ότι η οικονομική ανάπτυξη της υπαίθρου δεν είναι ανεξάρτητη από την πολιτιστική πρόοδο και την αναβάθμιση του εκπαιδευτικού επιπέδου του ανθρώπινου δυναμικού. Στη συνέχεια η διαχείριση του κτιρίου επανήλθε στην πρώην κοινότητα Κυθήρων και έκτοτε λειτουργεί ως εκθεσιακός και πολιτιστικός χώρος.