Το Ιερό Προσκύνημα του Αγίου Ιωάννη του εν Κρημνώ βρίσκεται σε σπήλαιο βόρεια του οικισμού Καψαλίου σε απόκρημνη πλαγιά, σε υψόμετρο 60 μ. Αποτελείται από ένα θάλαμο που χωρίζεται με έναν τεχνητό τοίχο. Το πρώτο τμήμα έχει μήκος 7 μ. πλάτος 3 μ. και ύψος 2.5 μ. όπου εκεί βρίσκεται το ιερό του Αγίου Ιωάννη του Πρόδρομου. Στο ενδότερο τμήμα μήκους 13 μ. πλάτους 3 μ. και ύψους 2 μ. υπάρχει φυσικός διάκοσμος από σταλακτίτες και σταλαγμίτες. Υπάρχουν επίσης κεραμικές λεκάνες για την συλλογή νερού το οποίο χρησιμοποιείτο για αγίασμα και από το οποίο έπιναν οι πιστοί για να θεραπεύσουν τις ασθένειές τους. Στο εικονοστάσιο υπάρχει η παλαιά εικόνα του Αγίου Ιώαννου του Προδρόμου που είναι έργο του σπουδαίου Κρητικού ζωγράφου Άγγελου Ακοτάντου του 15ου αιώνα και αφιέρωμα του επίσης Κρητικού Πέτρου Καστροφύλακα. Επίσης, στο εικονοστάσιο υπάρχει η εικόνα της Γεννήσεως του Αγίου Ιώαννου του Προδρόμου στην οποία υπάρχει ζωγραφισμένο το οικόσημο της οικογένειας Καλούτση και οι λέξεις: “Δέησις του δούλου του Θεού Γεωργίου Καλούτση”. Στην είσοδο του συγκροτήματος υπάρχει εντοιχισμένη μαρμάρινη πλάκα στην οποία αναγράφεται το όνομα του μοναχού Ιωαννικίου Σανίνου, ο οποίος ανακαίνισε το προσκύνημα το 1725. Περιξ του ναού υπάρχουν κτίσματα στα οποία μπορούσαν να φιλοξενηθούν μοναχοί. Σύμφωνα με την παράδοση στο σπήλαιο αυτό ο Άγιος Ιωάννης ο Θεολόγος εμπνεύστηκε την Αποκάλυψη. Δυστυχώς δεν υπάρχουν ιστορικές πηγές που να αποδεικνύουν κάτι τέτοιο. Εικάζεται ότι το προσκύνημα ήταν αρχικά αφιερωμένο στον Άγιο Ιωάννη τον Θεολόγο και μετά την ερείπωσή του η λατρεία του Θεολόγου ξεχάστηκε. Το προσκύνημα εορτάζεται την 29 Αυγούστου στην αποτομή της τιμίας κεφαλής του Ιωάννου Προδρόμου και Βαπτιστού. Σύμφωνα με ιστορικές πηγές, στο προσκύνημα υπήρχαν μοναχοί κατά τους περασμένους αιώνες. Ιδιαιτερότητα του Ιερού Προσκυνήματος του Αγίου Ιωάννη του εν τω Κρημνώ (όπως και της Παναγίας της Μυρτιδιώτισσας στα δυτικά και της Αγίας Μόνης στα ανατολικά των Κυθήρων), είναι ότι αυτό συνιστά «κοινή περιουσία του λαού των Κυθήρων» και ανήκει στην αποκλειστική διαχείριση της Επιτροπής Εγχωρίου Περιουσίας Κυθήρων και Αντικυθήρων, ενός νομικού προσώπου μοναδικού στην Ελλάδα που απαντάται μόνο στα Κύθηρα. Ο επιχώριος Μητροπολίτης Κυθήρων και Αντικυθήρων είναι ο Πρόεδρος της Εκκλησιαστικής Επιτροπής, μόνο όμως σε ζητήματα θείας λατρείας και ιερών ακολουθιών και όχι σε θέματα διοίκησης και διαχείρισης, καθώς αυτά ανέκαθεν ανήκαν στη διαχείριση του λαού (jus patronato publico).