Ο Μητροπολιτικός Ναός του Εσταυρωμένου χτίστηκε περίπου το 1660 από τον Επίσκοπο Κυθήρων Φιλόθεο Δαρμάρο. Σύμφωνα με γραπτή μαρτυρία, στο σημείο προϋπήρχε ναός. Στην είσοδο του ναού υπάρχει εντοιχισμένη κτητορική επιγραφή με το οικόσημο της οικογένειας Δαρμάρου. Ο επίσκοπος Δαρμάρος έχτισε επίσης το ναό της Παναγίας Μυρτιδιωτίσσης στη Μονεμβασία, όπου ονομάστηκε «Παναγία των Κρητικών». Εντός του ναού, καθώς και στο προαύλιο, θάβονταν τα μέλη της οικογένειας Δαρμάρου οι οποίοι είχαν το κτητορικό δικαίωμα (jus patronato), καθώς και οι λοιποί ενορίτες, μεταξύ των οποίων και πολλοί πρόσφυγες από την Κρήτη και την Πελοπόννησο. Ο ναός είναι καθιερωμένος στη Σταύρωση και η ημέρα του ναού είναι η Μεγάλη Παρασκευή με το απολυτίκιο «Εξηγόρασας ημάς εκ της κατάρας του νόμου…». Κατά τη διάρκεια της Μεγάλης Τεσσαρακοστής ο ναός φιλοξενεί, σύμφωνα πάντα με το παλαιό έθιμο, την εικόνα της Παναγίας Μυρτιδιωτίσσης, η οποία είναι το πολυτιμότερο κειμήλιο των Κυθήρων. Η εικόνα παραμένει εκεί από την Κυριακή της Ορθοδοξίας μέχρι τη Δευτέρα της Διακαινησίμου και τοποθετείται στο προσκυνητάρι της, που κατασκευάστηκε ειδικά από Ζακυνθινό καλλιτέχνη το 1806.