Προκειται για παλαιά μονή που ιδρύθηκε στα μέσα του 15ου αιώνα. Η Μαρία Βενιέρη, γόνος των ευγενών της ενετικής καταγωγής οικογένειας Βενιέρη, συνδέθηκε αισθηματικά με έναν Ενετό αξιωματικό. Κάποια στιγμή και ενώ είχε τελεσθεί ο αρραβώνας τους, η Βενετία βρισκόταν σε πόλεμο και ο αξιωματικός κλήθηκε στο καθήκον των μαχών. Πέρασε πολύς καιρός και η επικοινωνία των δύο ερωτευμένων νέων ήταν αδύνατη. Η Μαρία, νομίζοντας ότι ο αρραβωνιαστικός την λησμόνησε, αποφάσισε να απαρνηθεί τα εγκόσμια και να μονάσει. Όπως αναφέρουν τα βιβλία της οικογένειας Καλούτση έγινε μοναχή στον ιερό ναό του Αγίου Ελευθερίου (San Liberale), στο Μανιτοχώρι. Λίγο καιρό μετά, κι ενώ ο πόλεμος είχε λήξει, ο αξιωματικός επέστρεψε αναζητώντας την καλή του. Πληροφορήθηκε τότε ότι η Μαρία βρισκόταν ως μοναχή στον Άγιο Ελευθέριο. Όταν συναντήθηκαν εκείνη του αποκρίθηκε λέγοντας ότι πλέον έχει νυμφευθεί τον Ιησού Χριστό και οι νουθεσίες του για να αλλάξει γνώμη απέβησαν άκαρπες. Χωρίς να μπορέσει να την μεταπείσει, της ζήτησε να του εκφράσει μια επιθυμία της κι εκείνος θα την πραγματοποιούσε. Τότε η Μαρία αποκάλυψε τον διακαή της πόθο, να οικοδομηθεί ένας ναός στο όνομα της Παρθένου Μαρίας και να διαθέτει κελιά ώστε να περάσει εκεί το υπόλοιπο της ζωής της. Κι ο αξιωματικός αμέσως έβγαλε από τη ζώνη του ένα πουγγί με χρυσά νομίσματα και της το παρέδωσε.

Η Μαρία ξεκίνησε να υλοποιήσει την μεγάλη της επιθυμία. Πήρε στα χέρια της ένα λευκό περιστέρι, το ευλόγησε και υποσχέθηκε να κτίσει το ναό εκεί που θα πρωτοπήγαινε να καθίσει μετά την απελευθέρωσή του. Το περιστέρι μόλις αφέθηκε ελεύθερο πήγε και κάθισε στο βράχο του Κακοπετρίου. Έτσι χτίστηκε η μικρά μονή που φιλοξένησε γυναίκες μοναχές με ηγουμένη την Μαρία. Σήμερα τα λείψανά της βρίσκονται θαμμένα στο προαύλιο του ναού, φέροντας το οικόσημο της οικογένειας Βενιέρη. Εδώ είναι θαμμένα και τα λείψανα του Αρχιεπισκόπου Κυθήρων Νεκταρίου Βενιέρη ο οποίος υπήρξε συγγενής της ηγουμένης Μαρίας.

Αργότερα ο ναός με όλο το οικοδομικό συγκρότημα περιήλθε στην ιδιοκτησία της οικογένειας Καλούτση, αφού ο Ιωάννης Καλούτσης νυμφέφθηκε μία θυγατέρα της οικογένειας Βενιέρη.