Η θάλασσα Κυθήρων είναι γνωστή για την πλούσια πανίδα της και τα πολύ καθαρά νερά της. Ο βυθός της είναι βραχώδης και άγριος, με μεγάλα βάθη. Σε απόσταση 40 έως 50 ναυτικών μιλίων δυτικά των Κυθήρων συναντούμε βάθη που αγγίζουν τις 3000 και 4000 μέτρα, ενώ νοτιοδυτικά του Ακρωτηρίου Ταίναρο εντοπίζεται το μεγαλύτερο βάθος της Μεσογείου που φτάνει τα 4500 μέτρα περίπου. Τα πολύ δυνατά θαλάσσια ρεύματα, σε συνδυασμό με τους δυνατούς ανέμους δεν ευνοούν τη δημιουργία ιχθυοκαλλιέργειας στις ακτές του νησιού. Τα ψάρια που υπάρχουν στη θάλασσα των Κυθήρων είναι το μπαρμπούνι, το φαγκρί, η συναγρίδα, ο ροφός, η σκόρπαινα, η γόπα, η μαρίδα, το μελανούρι, ο σαργός, η σφυρίδα, ο σκάρος, το λυθρίνι, η πέρκα, ο χάνος, η σμέρνα κ.α. Τα κεφαλόποδα που ζουν στην περιοχή είναι το χταπόδι, η σουπιά, το καλαμάρι. Από τα Καρκινοειδή συναντούνται ο αστακός, ο κάβουρας και η καραβίδα. Το πιο διαδεδομένο οστρακοειδές είναι η πορφύρα, γνωστή από την αρχαιότητα, για την βαθυκόκκινη χρωστική ουσία που παραγόταν από την επεξεργασίας της και χρησίμευε στη βαφή υφασμάτων.
Θαλάσσια Ζώα
Η Φώκια Monachus Monachus είναι το πιο γνωστό είδος φώκιας που συχνάζει στις ακτές του νησιού, όπου υπάρχουν και αρκετές φωλιές. Δυστυχώς σήμερα στην περιοχή ζουν ελάχιστες, δεν ξεπερνούν τις δέκα με δεκαπέντε. Επίσης στη θάλασσα Κυθήρων συναντούνται μερικές φορές δελφίνια και ένα είδος φάλαινας. Συνήθως τα δελφίνια περνούν από την περιοχή του Ακρωτηρίου Σπάθι ως τις νησίδες Δραγονάρες όπου υπάρχει αρκετή τροφή γι’ αυτά. Αμφίβιο που συναντάται στη θάλασσα των Κυθήρων είναι η χελώνα Caretta Caretta.
