El mar de Citera es conocido por su rica fauna y sus muy limpias aguas. Su fondo es rocoso y brusco, de profundidades altas. A distancias de 40 hasta 50 millas náuticas al oeste de la isla encontramos profundidades que alcanzan los 3000 y 4000 metros, mientras al suroeste del cabo Ténaro se ubica el punto más profundo del mar Mediterráneo que alcanza los 4500 metros. Las fuertes corrientes marinas en combinación con los fuertes vientos son condiciones que no favorecen el desarrollo de la piscicultura en las costas de la isla. Los peces que se encuentran en el mar de Citera son: el salmonete, el pargo, el dentón, el mero, el cabracho, la boga, el caramel, la oblada, la dorada, la lubina, la vieja colorada, la breca, el serrano, la cabrilla, la morena, etc. Los Cefalópodos que viven en la zona son: el pulpo, la sepia, el calamar. De los Crustáceos se encuentran la langosta, el cangrejo, la cigala. Sin embargo, el más común y conocido es la púrpura (porfira), famosa desde la Antigüedad, por su tinte de color entre rojo y morado que se extraía después de su elaboración y se utilizaba para teñir telas.
Animales marinos
La foca Monachus Monachus es la especie más conocida que frecuenta las costas de la isla, donde hay bastantes nidos. Desgraciadamente, hoy en día en la zona viven muy pocas; no superan las diez o quince. También, en el mar de Citera vienen a veces delfines y una especie de ballena. Normalmente los delfines pasan por el estrecho entre el cabo Spathí y los islotes Dragonares donde hay mucha comida para ellos. Un anfibio que se encuentra en el mar de Citera es la tortuga Caretta Caretta.
