Τα Κύθηρα διαθέτουν ένα ασφαλές υπήνεμο λιμάνι στην περιοχή Διακόφτι, βορειοανατολικά του νησιού. Το λιμάνι λειτουργεί από το 1996 και μπορεί να εξυπηρετήσει πλήρως τις ανάγκες του νησιού. Συνδέεται με την πόλη των Κυθήρων και το Αεροδρόμιο μέσω αυτοκινητοδρόμου ταχείας κυκλοφορίας. Απέχει 30 χιλιόμετρα από την πόλη των Κυθήρων και 9 χιλιόμετρα από το αεροδρόμιο του νησιού.
Για την κατασκευή του λιμανιού των Κυθήρων που ξεκίνησε το 1982 εμπνευστής και πρωτεργάτης ήταν ο Γρηγόρης Λ. Κασιμάτης ενώ η απόφαση δημιουργίας του λιμανιού επικυρώθηκε σε λαϊκή Συνέλευση που πραγματοποιήθηκε στην πρωτεύουσα των Κυθήρων.
Λιμάνια – τουριστικά καταφύγια στο νησί υπάρχουν επίσης στην Αγία Πελαγία, το Καψάλι, τον Αβλέμονα και την Πλατεία Άμμο. Το Καψάλι λειτουργεί ως μαρίνα, ενώ παράλληλα αποτελεί σταθμό για τις κρουαζιέρες της Μεσογείου.