Kythera ligt in het zuiden van Griekenland, op het kruispunt van drie zeeën (Egeïsche Zee, Ionische Zee en Kretenzische Zee). Met andere woorden, het ligt tussen Peloponnesos en Kreta. Administratief gezien behoort het eiland tot de regio Attica (provincie Piraeus), maar historisch gezien maakt het deel uit van de Eptanissa (de zeven eilanden in de Ionische Zee). Kythera is een gemeente met 13 geografische districten met een oppervlakte van 284 km². De 13 provincies worden administratief vertegenwoordigd door gemeenteraden. Kythera heeft ongeveer 4000 inwoners.
Vanuit geografisch oogpunt maakt Kythera deel uit van de Alpenketen, meer bepaald de zuidelijke tak van het Tethysische systeem dat zich uitstrekt van de Dinarische Alpen tot het Taurusgebergte in Syrië. Eenvoudig gezegd is Kythera een belangrijke toegangspoort tot de Egeïsche Zee vanuit het centrale en westelijke deel van de Middellandse Zee.
De kustlijn van Kythera is ongeveer 90 km lang (49 Nm). Het ligt op 80 km (43 Nm) van Kreta, 21 km (12 Nm) van Neapoli en 200 km (108 Nm) van Piraeus. De geografische coördinaten van Kythera zijn 36,8° noorderbreedte en 22,6° oosterlengte.