De hoofdstad van het eiland, in het Grieks ook wel “Kythira” of “Chora” genoemd, ligt in het zuiden. De haven van de stad Kythera heet Kapsali en samen vormen ze een van de meest pittoreske plaatsen van Griekenland. Chora werd de hoofdstad van het eiland tijdens het Venetiaanse tijdperk, toen het om veiligheidsredenen werd verplaatst van zijn oorspronkelijke locatie, Paleochora (een kleine 13e-eeuwse Byzantijnse citadel). Het kasteel van Chora werd in 1503 gebouwd op een klein bestaand bolwerk en het dorp werd voor de enige ingang van het kasteel gebouwd. De architectuur van de meeste gebouwen is typisch voor de Egeïsche Zee, maar verschillende hebben Venetiaanse en Engelse elementen, een bewijs van de hoge status van de eigenaars. De kerktorens van de ontelbare kerken reiken naar de hemel en trekken de aandacht van bezoekers als ze Chora vanaf de hoogten van het kasteel aanschouwen. De stad Kythera heeft twee grote pleinen. Het eerste herbergt het stadhuis, banken en openbare diensten en is het meest levendige gedeelte van de hoofdstad. Het tweede plein heet ’Estavromenos Plein“, genoemd naar de belangrijkste Metropolitaanse kerk van het eiland, een kleine kathedraal. Dit is de plek waar de Fransen in 1799 de principes van de Franse Revolutie verkondigden, de democratie vestigden na het afschaffen van feodale titels en het verbranden van het ”Libro d'Oro“, het Boek van de Adel.