Er is weinig wild op Kythera. De meeste wilde diersoorten zijn te vinden in de meer verlaten gebieden, zoals delta's, en in gebieden met een weelderige plantengroei. Er zijn onder andere zoogdieren, vogels, reptielen en ongewervelde dieren. Enkele van deze soorten zijn egels (erinaceus concolor), dwergvleermuizen (pipistrellus pipistrellus), konijnen (lepus capensis), muizen (mus musculus) en steenmarters (martes foina). Zoogdieren die gebruikt worden voor het fokken zijn schapen, geiten, koeien, varkens en kippen (kippen en kalkoenen).
Vogels
Kythera is een rustplaats voor trekvogels die Griekenland aan het begin van de winter verlaten om naar Afrika en naar het zuiden te vliegen. Er leven ongeveer twintig soorten op het eiland gedurende het hele jaar. Tot de permanente soorten behoren de huismus (Passer domesticus), de distelvink (Carduelis carduelis), de rotspatrijs (Alectoris graeca), de raaf (Corvus corax), de blauwe rotslijster (monticola salitarius), de Egeïsche meeuw (Larus Audouinii), de buizerd (Buteo buteo) en de Eleonora's valk (Falco eleonorae). Tot de trekvogels van het eiland behoren de hop (Upupa epops), de slagersvogel (Lanius), de tapuit (Oenanthe hispanica), de blauwe kiekendief (Circus), de zwarte wouw (Milvus migrans), de arend (Aquila), de slechtvalk (Falco pelegrinus), de houtsnip (Scolopax rusticola), de zanglijster (Turdus philomelos), de kwartel (Coturnix coturnix), de zomertaling (Anas querquedula), de Europese tortelduif (Streptopelia turtur), de boerenzwaluw (Hirundo rustica) en de wielewaal (Oriolus oriolus).
Reptielen en amfibieën
Reptielensoorten die in Kythera voorkomen zijn onder andere Kotschy's gekko (Cyrtopodion kotschyi), de mediterrane gekko (Hemidactylus turcicus), de Peloponnesische langzame worm (Anguis Cephalonica), de Griekse rotshagedis (Lacerta graeca), verschillende soorten (niet-giftige) slangen en schildpadden. Amfibieën zoals de Balkanbeekkikker (Rana graeca) leven in kleine meren en beken.
Ongewervelde dieren
De bij is een van de belangrijkste insecten op Kythera. De kleine keizersvlinder (Saturnia pavonia), de grootste Europese nachtvlinder, komt ook voor op Kythera. Andere ongewervelden zijn sprinkhanen, vlinders, vliegen, kevers, slakken, schorpioenen en kakkerlakken.
