Der neue Hafen in Diakofti ist seit 1996 in Betrieb. Mit einer Mole von 130 Meter Länge können bis zu drei Schiffe zur gleichen Zeit anlegen. Der Hafen ist 9km vom Flughafen, 21km von Agia Pelagia und 30km von der Chora (Kythira) entfernt.
Die treibende Kraft hinter dem Bau des Diakofti-Hafens – der 1982 begann – ist Grigoris L. Kassimatis, und die Entscheidung, mit der Arbeit an dem Projekt zu beginnen, wurde von einer Volksversammlung in der Hauptstadt von Kythera ratifiziert.
Weitere kleine Häfen gibt es in Agia Pelagia, Platia Ammos und in Avlemonas. In Kapsali, auf der südlichen Seite der Insel fungiert der Hafen als Marina.