Είναι ο μεγάλος ναός που κτίστηκε επί Ενετών, το 1580 στο Κάστρο της Χώρας. Ήταν καθολικός ναός αφιερωμένος στην «Παναγία των Λατίνων». Το 1806 εγκαινιάστηκε ως Ορθόδοξη στο όνομα της Παναγίας Μυρτιδιωτίσσης. Στο ναό αυτό φυλασσόταν η εικόνα της Παναγίας Μυρτιδιώτισσας για δύο περίπου αιώνες, για το φόβο κλοπής από τους πειρατές. Το 1842 η εικόνα επέστρεψε στο προσκύνημα των Μυρτιδίων.

Δίπλα στο μεγάλο ναό βρίσκεται ο μικρός ναός της «Παναγίας Ορφανής», που ανήκε στην οικογένεια Καλλονά. Εκεί φυλάσσονταν η εικόνα και τα κειμήλια της Μονής Αγκαράθου του Ηρακλείου της Κρήτης επί 300 χρόνια, όταν η Κρήτη κατελήφθη υπό των Τούρκων.