Es la iglesia grande que fue construida durante la época de los venecianos, en 1580 en el Castillo de Jora. Era una iglesia católica dedicada a la “Virgen de los latinos”. En 1806 fue inaugurada como iglesia ortodoxa bajo el nombre de Panagía Mirtidiótisa. En esta iglesia fue escondido el icono de la Virgen Mirtidiótisa durante casi dos siglos, bajo el miedo de ser robada por los piratas. En 1842 el icono regresó al Monasterio Mirtidíon.

Al lado de la iglesia grande se halla la pequeña de Panagía Orfaní, que pertenecía a la familia Kaloná. Allí fueron guardados durante 300 años el icono y las reliquias del Monasterio Agkarathos de Heraclion de Creta, cuando los turcos ocuparon Creta.