È la chiesa più grande costruita durante il dominio veneziano, nel 1580 nel Castello di Chora. Era una chiesa cattolica dedicata alla “Madonna dei latini”. Nel 1806 venne consacrata come ortodossa, col nome della Madonna Myrtidiotissa. In questa chiesa venne custodita l’icona della Madonna Myrtidiotissa per circa due secoli, per il timore di incursioni da parte dei pirati. Nel 1842 l’icona ritornò nel luogo di pellegrinaggio di Myrtidon.

Accanto alla grande chiesa si trova quella più piccola della “Madonna Orfana”, che appartenne alla famiglia Kallona. Lì vennero custoditi l’icona e i cimeli di Santa Moni Agkarathou di Irakleio di Creta, per 300 anni, quando Creta era occupata dai turchi.