La mer de Cythère est reconnue pour sa richesse en flore marine et la propreté de ses eaux. Le fond de la mer est rocheux et abrupt, et les eaux sont très profondes. A peine à 40-50 milles nautiques à l’Ouest de l’île la profondeur atteint 3000 à 4000m, et au Sud-ouest du cap Tainaron, la profondeur est de 4500m, le point plus profond de la mer Méditerranée. Les forts courants d’eaux, en combinaison avec un vent fort et quasi permanent, ne favorisent pas l’installation de fermes de pisciculture. Les poissons que l’on trouve dans la mer de Cythère sont le Rouget surmulet, le Pagre, le Denté commun, le Mérou de Méditerranée, la Rascasse, le Bogue, le Picarel, l’Oblade, la Dorade, le Bar, le Merlan, le Pagel, la Perche de mer, la Murène etc. Les céphalopodes qui vivent dans les eaux de Cythère sont la Pieuvre, la Seiche et le Calamar. Les crustacés sont le Homard, le Crabe et la Langouste. Parmi les mollusques, le plus célèbre et le Bolinus brandaris, appelé « Porfyra » en Grec. Connue depuis l’antiquité, la Porfyra était la matière première de la teinte pourpre, utilisée pour colorer les tissus des empereurs Byzantins.