Het Archeologisch Museum van Kythera is gehuisvest in een gebouw van 191,53 m², dat zich bevindt in een perceel van 989,955 m² in de stad Chora. Het museum ligt aan de hoofdweg van de ingang van Chora en op zeer korte afstand van het centrale plein van het dorp. Na de aardbeving die het eiland in 2006 trof, werd het museum beschadigd en was het negen jaar lang gesloten voor bezoekers. Het Archeologisch Museum van Kythera is op 8 mei 2016 heropend voor het publiek, volledig gerestaureerd en met een moderne tentoonstelling. Het gebouw beschikt over moderne infrastructuur, gratis internettoegang voor bezoekers en het is ook toegankelijk voor gehandicapten en slechtzienden.